Creo que, efectivamente, las hadas y gnomos que aparecen en "El Libro de los Cuentos Perdidos" pasaron a ser con el tiempo elfos (los gnomos, por ejemplo, se corresponden con los posteriores noldor).
Pero en "El Hobbit", las hadas se mencionan una vez más, ya que, para referirse a las Tierras Imperecederas, Tolkien emplea en dicho libro la expresión "Tierra Occidental de las Hadas" (como un lugar al que fueron ciertos elfos, pero no todos).
Así pues, en la narración de las aventuras de Bilbo, el término hadas parece referirse a los Ainur, aunque pienso que seguramenter nuestro autor favorito lo incluyó como elemento típico de narración infantil (no olvidemos que esta precuela de "El Señor de los Anillos" era en sus orígenes un cuento para niños, como ya se ha señalado aquí).