Eso de que los espíritus superiores no intervienen en los asuntos de los pueblos libres es bastante cuestionable. De hecho los Valar envian a los Istari precisamente para intervenir. Es la forma que tienen los Valar de combatir a Sauron, no directamente por el uso de la fuerza, sino a través de unos emisarios con poderes.
Yo no creo que Tolkien considerase seriamente el papel que Tom Bombadil desempeña en el desarrollo del argumento y una vez más, reitero que la aparición de éste obedeció más a motivos estructurales que al propio sentido de la obra en general. Luego sí es posible que fuera perfilando a su personaje y le diera una dimensión mayor, pues no olvidemos que Tolkien revisaba y reescribía sus obras una y otra vez.