Hola
Antes de nada, dar la bienvenida a Hammerdown a El Anillo Único. Espero tengas feliz estancia.
Sobre tu pregunta decir que, en realidad, la división de "Los Cuentos Perdidos" en dos publicaciones fue una cuestión meramente editorial pues en ambos libros estamos ante el mismo narrador y la misma situación.
Los Cuentos Perdidos son una colección de narraciones e historias que cuentan con el mismo protagonista, Eriol o Aelfwine (entre muchos más) pues su nombre es alterado por Tolkien en el quinto cuento si mi memoria no chirría.
Estos cuentos constituyen, acompañados por la extensa documentación de Christopher Tolkien, las primeras versiones de la cosmogonía del universo que Tolkien desarrollaría para concebir sus cuentos más populares y que luego fueron revisados por su hijo y por Guy Kay para conformar el "Quenta Silmarillion".
En mi opinión, se trata de una lectura obligada para todo aquel que quiera profundizar en la obra de Tolkien y comprobar con sus propios ojos la evolución del genial escritor británico.
En cuanto a la pregunta de Estel Idril, a la que también doy la bienvenida a pesar de llevar ya dos meses con nosotros, es difícil de contestar.
La propia esencia de "Los Cuentos Perdidos" hace muy complicado determinar el destino de Aelfwine pues representa el final de esos cuentos y los cuentos fueron abandonados por Tolkien, de modo que el final no fue rubricado como puede ser el de "El Señor de los Anillos".
Además de las distintas versiones que narra el capítulo, contamos también con la historia paralela de "Aelfwine en Inglaterra" que narra los hechos de modo diferente y que Christopher denomina Aelfwine II, frente a los primeros escritos, diferentes en varios conceptos hasta hacer imposible determinar que sucede realmente con Eriol.
Sin embargo, aprovechando que dispongo de algo de tiempo voy a copiar un par de frases que aunque demuestran diferentes posibles finales para la historia de Eriol, no obstante indican hechos concretos que quizá sirvan para orientarte.
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Y en [8] se dice:
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Pero claro, a su vez el primer texto está extraido del capítulo "Heorrenda de Hasgwudu", donde como bien dice en [11]
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donde el libro de los Cuentos Perdidos no habría sido escrito por Eriol sino por su hijo Heorrenda.
En fin, como ves, es ciertamente complicado poder afirmar nada con seguridad al respecto del final de Aelfwine y, en estas ocasiones, la mejor opción es dejar paso a la propia imaginación y decididir uno mismo como recordar el final del mítico marino. 
Espero haber contribuido a resolver tus dudas.
Un saludo
jarvis