Otra respuesta podría ser que la película se llama así porque el libro se llama así.
Y las Dos Torres son Orthanc y Minas Morgul 
Copio literal el final de mi libro de La Comunidad del Anillo (Ed. Minotauro)
Aquí concluye la primera parte de la historia de la Guerra del Anillo. La segunda parte tiene como título LAS DOS TORRES, ya que los acontecimientos ahí relatados están bajo el dominio de Orthanc, la ciudadela de Saruman, y la fortaleza de Minas Morgul que guarda la entrada secreta de Mordor; en ella se cuentan las hazañas y peligros de todos los miembros de la comunidad ahora disuelta, hasta la llegada de la Gran Oscuridad.
La tercera parte, El Retorno del Rey, habla de la última defensa contra la Sombra, y el fin de la misión del Portador del Anillo